จากสภาพปัญหาเศรษฐกิจในปัจจุบันทำให้ธุรกิจ SME ในไทยได้รับผลกระทบมากขึ้น และทุกวันนี้สิ่งที่ธุรกิจ SME กำลังเผชิญอยู่ก็มากอยู่แล้ว แต่ในอนาคตที่กำลังจะก้าวเข้าสู่ AEC ธุรกิจ SME จึงต้องเตรียมรับมือกับสถานการณ์ที่จะเกิดขึ้น โดยปรับแผนเศรษฐกิจทั้งขนาดกลางและขนาดย่อมให้มีแนวทางการดำเนินงาน เพื่อที่คนไทยจะได้รับรู้ทั้งเรื่องโอกาส ผลกระทบ และแนวทางการส่งเสริมและเตรียมความพร้อมให้แก่ภาคธุรกิจของตนเอง
ปัญหาเศรษฐกิจทำให้สาขาธุรกิจได้รับความสนใจเป็นพิเศษ เพราะมีผลกระทบต่อการจ้างงาน สัดส่วนการส่งออก สัดส่วนการใช้วัตถุดิบในประเทศ และสัดส่วนมูลค่าเพิ่ม ตลอดจนศักยภาพและโอกาสในการเติบโตเป็นอุตสาหกรรมสำคัญของประเทศไทยในอนาคต โดยมีความมุ่งหมายที่จะให้ผู้ประกอบการ SMEs สามารถปรับตัวเพื่อรองรับผลกระทบทั้งในด้านบวกและด้านลบที่จะเกิดขึ้นหากพิจารณาจากแนวโน้มอุปสงค์ในตลาดโลก ก็จะทราบถึงวิวัฒนาการของการดำเนินธุรกิจของ SME
นักธุรกิจ SME ยังต้องเผชิญกับสภาพแวดล้อมที่ไม่เอื้ออำนวย
ทำให้ไม่สามารถเข้าถึงกลุ่มเป้าหมายได้ นอกจากนี้ทางด้านผู้ประกอบการเองยังขาดจิตวิญญาณของการเป็นเจ้าของกิจการที่ดี และทักษะด้านการบริหารจัดการ ยังไม่สามารถเข้าถึงข้อมูลได้อย่างครบถ้วน การดำเนินกิจการงานต่างๆยังจำกัด ยังขาดแรงงานที่มีทักษะขั้นสูง โดยเฉพาะทักษะด้านการประยุกต์ใช้เทคโนโลยี การใช้ภาษา
นักวิชาการส่วนใหญ่ลงความเห็นว่า SME ใน AEC
มีแนวโน้มจะให้ความสำคัญกับในกลุ่มอาเซียนด้วยกันเองมากขึ้นในอนาคต มากกว่าประเทศนอกกลุ่มแม้จะอยู่ในภูมิภาคเอเซียเหมือนกัน เช่น จีน อีกทั้งตลาดดังกล่าวยังมีรายได้ในระดับสูง และมีความต้องการสินค้าอย่างต่อเนื่องในระยะยาว และประเทศในกลุ่มเหล่านี้ก็มีการพัฒนาอยู่ตลอดเวลา
ประเด็นที่กล่าวมาล้วนเป็นปัญหาสำคัญของธุรกิจ SME ในยุค AEC เป็นประเด็นที่ต้องได้รับการแก้ไขอย่างเร่งด่วน แม้ว่าจะมีปัญหาในประเด็นอื่นๆด้วย เช่น การเข้าถึงปัจจัยการผลิต การบริหารจัดการต้นทุน การแข่งขันกับคู่แข่งรายอื่นๆ กฎหมายในแวดวงธุรกิจ เป็นต้น ประเทศในอาเซียนจำเป็นต้องตระหนักถึงประเด็นปัญหาเหล่านี้ และร่วมมือกันอย่างแท้จริงในการผลักดันนโยบายต่างๆ เพื่อให้ธุรกิจ SME ทั้งขนาดใหญ่ และขนาดกลางมีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น